内阁、六部堂官和左都御史加上翰林学士和皇帝特简的臣子一同阅卷之后，再报送皇帝亲自决定。

两宋制科虽设五等，但一二等空缺，唯取下三等，也就是说，制科的榜首也就是制科三等，三等还分为三等、三等次，这些规则朱载坖也予以延续。

讨论完了之后，朱载坖就下诏，举行大明历史上第一次制科考试，不拘官民人等，都可以报名参加制科考试，一共三个科目：贤良方正直言极谏科、详明吏理可使从政科、军谋宏远材任边寄科。

在诏书中朱载坖明确说明，制科三等位在状元之上，实授五品，比之状元的正六品还要高。