此，当史可法得知此事后，为了避免事态扩大，甚至是爆发内战，他立刻亲身前往福王朱由崧的所在之地，亲迎福王朱由崧前往南京监国。

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等到身在笨港的杨三生得到消息时，福王已经在南京就任监国。

并重新任命了南京各大臣的官职。

原兵部尚书史可法任命东阁大学士兼礼部尚书，入阁办事，马士英任东阁大学士、兵部尚书、右副都御史，仍任凤阳总督，原蓟辽总督洪承畴任命东阁大学士兼工部尚书，入阁办事。

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一月后，1644年，九月中旬。（历史上，福王朱由崧在1644年五月十五日登基）

朱由崧正式登基称帝，改明年为弘光元年。

第二天，马士英便入阁主持政务，半月后，史可法辞去东阁大学士之职，并于两天后，自请渡江前往淮阳督师。

至此后，史可法被完全排挤在弘光朝的权力中心之外，也造成了弘光朝廷的党争日渐激烈和频繁，更为弘光朝的灭亡埋下了伏笔，同时，史可法的优柔寡断也是弘光朝灭亡的罪魁祸首之一，若是史可法早做决断，拥立福王或桂王亦或是潞王，也就不会导致后续的事情发生。