要让朝廷下弃保漕运的决心和让朝廷放弃运河，完全是两回事。京杭运河的功能，不仅是保漕粮运输，它还有一个作用不容忽视将南北两京的空间距离拉的很短。运河全部无法通航的时候，商贾行人在两地陆路通行时间从原先的十天一下子能拉长到一个月这般低效绝对影响朝廷对整个江南这一赋税重地的治理，也影响南北的商品流通。因此，潘季驯所谓弃保漕运，仅仅是说弃保漕粮运输。也就是说如果不用运河来运漕粮，那么就不必让三千里运河随时保持贯通状态会极大的减少黄河的治理难度。最初，为了满足朱翊钧保漕运、保祖陵、保民生的“三保”要求，潘季驯的第一版治河报告中，向朝廷提出的治河之法受限很大，他既不敢加高家堰大坝蓄水攻沙，又不敢扩大微山湖影响民生保运，因此所做的工作全数是小打小闹，修修补补，和朱衡的手段差不多。即使朱翊钧这个半外行看来，这一版方案也无法解决黄、淮密集泛滥的问题。万历时期的黄河，已经固定在新郑徐州淮安一线数百年，直到清末才在河南铜瓦厢再次决口北归，结束了黄淮合流的历史。永乐十八年，成祖迁都北京，京杭大运河成为了命脉。而大运河中徐州到清口的长达五百里的运道，必须得到黄河水的接济才能保持畅通。而黄河在两淮和鲁西南地区的横冲直撞，分流众多，严重影响漕运。于是，这段时间明代朝廷的治水思路是“南堵北疏，抑河南行，以保漕运”，利用长堤约束，把淮河及其支流作为黄河洪水的下游通道。弘治帝和嘉靖帝分别修建金堤和南堤，就是这种思想指导下的产物。这样思路和做法，带来的直接后果是将黄河的泥沙淤积到淮河下游，导致原来深广的淮河被淤积成地上河，淮河水系遭受了巨大破坏。而争不过黄河的淮河，又另辟蹊径，冲入长江，导致长江下游水流增大，给苏松地区也带来了巨大的防洪压力。可笑的是，朝廷只要保住漕运，两淮地区生民之苦，根本不在明代朝廷的考虑范围内。永乐十四年，黄河在开封决口，泛滥十四州县，由涡河入淮。因未危及运道，当时朝廷居然听之任之，让黄河漫流四十余年，听之任之。其后的正统、景泰、弘治、嘉靖年间，黄、淮河数次超级大水灾，朝廷的思路一直不变，仍以保运道为主，将黄淮大地的生民置之不理。当时的豫东南、皖西北一带，简直成了水乡泽国，凤阳、泗州、淮安等地，长受灾患，朝廷漠视灾民流转哀号而不救。后世广为流传的一段凤阳花鼓道出了明廷给生民带来的锥心苦楚“说凤阳，道凤阳，凤阳本是个好地方，自从出了朱皇帝，十年倒有九年荒。大户人家卖骡马，小户人家卖儿郎”这段歌词即为明人所写，第一句的原文为“家住庐州并凤阳”，后世的邓丽君还根据这首民歌创作了流行歌曲凤阳花鼓。随着潘季驯调研的深入，以及朱翊钧弃保漕运政策在脑海中逐渐成型，潘季驯在摒弃了“南堵北疏”治河思路的基础上，完整提出了后世让其得享大名的方案加高加宽高家堰，积蓄洪泽湖水，利用洪泽湖水实施“束水攻沙”工程，刷深黄河淤积的水道，增大下游流量，从而减少两河泛滥。这一治河思路，原时空一直被贯彻的满清末年。但在明代，有一个死结难以解开高家堰加高，洪泽湖扩大加深，黄、淮河汛期到来时，会威胁到祖陵安全。因此，“束水攻沙”一直到明代灭亡，也始终是一个半吊子工程，黄淮河的泛滥还是多发。朱翊钧和张居正等阁臣反复商讨，又请示了陈、李两位太后，到最后也下不了动迁祖陵的决心。现在真要这么干，政治阻力太大了，说动摇国本都不为过。但不迁祖陵，“束水攻沙”的效果就大打折扣，大明朝始终就要在这两条河流的威胁下苟延残喘，大量的资源投入到救灾补漏的恶性循环之中这又是朱翊钧所不能容忍的。而且，因为本时空潘季驯调研的比较深入，在第二版报告中，还提出了“束水攻沙”这一策略的短板。由于“黄淮合流”这一根源问题没有解决，且“黄强淮弱，黄高淮低”这一因素的作用，当汛期之时，淮河水道并不能全部容纳下泄的洪水，会导致回水倒灌洪泽湖，将洪泽湖的清水口淤塞。长此以往，一方面影响“束水攻沙”的效果，另一方面水流变缓后，徐州以下还会形成悬河。潘季驯在第二个方案被皇帝否定之后，终于再次大其心，这次终于大的没边了他居然想用一连串堤坝工程和开挖新河，单独恢复黄河、淮河的入海通道具体思路是，先把黄河进入洪泽湖和原淮河的入水通道都截流，利用一连串的堤坝和旧河道，迫使黄河北上入海。然后以洪泽湖为枢纽，将淮河水放入旧河道，并截断淮河和长江的联系。这一宏伟工程，将利用新开的加上以前的，共两条河道交替使用，来彻底解决黄河的淤积问题。施工方案如下首先开通新河道，将夺淮的黄河引开北上。同时将高家堰加高、加宽，蓄积淮水，再从洪泽湖西南部出湖，利用黄河的旧河道入海，将旧河道刷出来。当旧河道刷出来一部分后，截断淮河进入长江的通道，将淮河水全部引入洪泽湖，扩宽洪泽湖西南清水口，加大刷河力度。当黄河新河道二三十年后逐渐淤积时，将关闭黄河河闸，新修堤坝，将黄河导入洪泽湖，引入已经冲刷完成的淮河老黄河之中；同时再打开洪泽湖东北部大水闸或直接破开堤坝