日军占领上海之后，调动8个师、两个旅及海军一部计20万人，分南北两路会攻南京。

北路为上海派遣军，南路为第10军。　而国民政府11月20日，国民政府宣布迁都重庆，并成立南京卫戍司令部；24日任命唐生智为南京卫戍司令长官，调集总兵力11万余人，防守南京。

战斗打到12月七日，南京外围防线全部被突破。国军将士开始准备南京城防。

此时日军已经兵临城下，国军指挥官消极待战，在基地的韩飞知道，南京城被突破后，日军就会对城里进行惨无人道的大屠杀，随后命令百合秋菊两个人，坚守南京，丁香带人随后出动，基地里，一辆辆卡车随后出发，为了避免日军飞机，她们只能夜间行军。

此时此刻，南京，秋菊和百合还有王虎正在商议作战计划，而日军则派人劝降，但劝降未果，日军见中国军队拒绝投降，遂向雨花台、通济门、光华门、紫金山第3峰等阵地发起全面进攻，战况激烈。随后光华门被日军炮火炸塌，日军从城墙缺口冲上去来。

当百合听说后，随后召集人手，率领三个连前往光华门。

当百合到达光华门后，国军和日军正在混战在一起，百合随后命令部队冲上去，女兵门一个个拿出军刀，如同刀切再奶油上一样，疯狂屠杀着日军，而国军将士也被震撼了。防守87师88师将士终于等来了援军，百合命令部队肃清残敌，有联系守卫光华门的国军指挥官。

击退敌人后，百合问那些国军士兵，你们谁是这里的长官。每人回答，这时，一个受伤的军官说：师长和旅长都被炸死了，我是团长，我叫王卫国，那好，收拢你的部队，马上加固城墙，王卫国看着这个小姑娘，仿佛有一种不可抗拒的气魄。

一会鬼子又发动进攻了，百合命令一连在这里坚守阵地，二连去帮助国家，三连架好迫击炮，当日军到达二百米时，狙击手一枪，打掉了一个日军，这就是进攻的信号，所有人拿出了冲锋枪，开火，哒哒哒，一阵金属风暴过后，日军都被干掉了，而国军那边也很快解决了

这时，南京指挥部，南京保卫战的总指挥唐智生听到了南京光华门又出现了三百多女兵的消息后，很快意思道，那只神秘的部队有出现了，随后唐智生命令传令兵带着委任状，前往光华门。

此时此刻光华门炮火连天，百合带人拼命阻挡疯狂进攻的日军，这时，一名女兵来到百合身边，报告，大姐，唐智生带来的传令兵来了，走，去见见。随后百合走下了城墙，见到了传令兵，这时蒋委员长颁发的委任状，还望姑娘签收一下。容我考虑考虑。随后百合给韩飞发电报，告诉蒋介石收编她们的消息，随后韩飞回电可以，不过所有女兵不得分散，不能安插任何人。当唐智生知道后，随机答应。

此时，百合已经是独立99师师长了。

而此时南京京城防已经岌岌可危了，雨花台告急的消息传到秋菊的耳朵里，随后秋菊命令王虎带人增援雨花台。